E’ passato ormai molto tempo da quando le Mazoniane tentarono di invadere la Terra e il nome di Herlock, il pirata spaziale ormai da lungo tempo scomparso, è entrato nella leggenda.
Gli uomini hanno abbandonato il loro pianeta natale e colonizzato senza controllo l’intero spazio. Ma non sono riusciti a cambiare la loro natura, le ingiustizie ed il degrado sono presenti ovunque e pochi privilegiati controllano il destino di tutti.
L’era dei pirati spaziali, gli ultimi uomini liberi, pare ormai volgere al termine con la cattura della piratessa Kei Yuki, l’ultimo membro della vecchia ciurma di Herlock ancora in libertà. Ma proprio in questo momento di crisi cominciano a diffondersi strane voci: pare che i morti tornino in vita ed in una zona del desolato pianeta Cumulo di Rifiuti sia stato avvistato Capitan Herlock!
La brama di potere e conoscenza degli esseri umani ha avuto tragiche conseguenze: spintisi fino ai confini dell’universo, hanno risvegliato un male ancestrale che ora minaccia di distruggere ogni forma di vita. Solo Herlock e l’astronave Arcadia possono opporsi alla minaccia, non prima però di aver recuperato dalla prigione il vecchio equipaggio…
Una volta riuniti Herlock e i suoi uomini volano spediti all'inseguimento dei seguaci di Noo, per salvare la Terra ed impedire il ritorno dell'antico demone, ma il prezzo da pagare è alto, le vite di tutti sono costantemente in pericolo: persino Kei Yuki viene gravemente ferita durante un'imboscata. Non tutto però va male: i vecchi membri dell'equipaggio ancora in vita sono stati recuperati e finalmente qualcuno si accorge del pericolo rappresentato da Noo e decide di dare un inaspettato contributo alla causa.
Si giunge così allo scontro finale, combattuto al di là del tempo e dello spazio. Ed in un mondo in cui vivi e morti si incontrano, Herlock ritrova un vecchio amico, pronto ancora una volta a fare la sua parte per la salvezza dell'Universo...